Saison 2

Quand le Dr. Psychobos vole un morceau de l'Omnitrix, causant des effets secondaires chaotiques, c'est à Ben, Rook et à une petite équipe de Plombiers de tout régler.

À la grande surprise de Ben, Gwen et Kevin sont de retour à Bellwood. Cependant Kevin a un comportement des plus curieux. Il demande à Ben de lui trouver une cachette. Ben accepte d'aider son ami, même s'il ne comprend pas pourquoi...

Un pêcheur assiste à un phénomène étrange à l'entrée du port de Bellwood : deux énormes yachts disparaissent, aspirés vers le fond par un tourbillon inexpliqué. Juste dessous, sur la rivière de la ville souterraine, Max, son ami Patelliday, Ben et Rook sont, eux aussi, en train de pêcher. Ben, qui n'arrive pas à prendre une seule prise, met Rook au défi de faire mieux que lui...

Ben et Rook doivent empêcher Trombipulor de gagner le "pouvoir ultime" pendant que Blukic et Driba essayent de trouver un Monsieur Jus de Fruits.

Khyber attaque Ben et Rook lors d'un festival.

Billy Billions, le rival d'enfance de Ben, transforme Ben et Rook en enfants.

Ben rencontre la famille de Rook durant un voyage sur la planète de ce dernier, qui est convoitée par Krochédudroit pour ses précieuses ressources.

Eon est de retour et, une fois de plus, il veut devenir le maître du temps. Pour cela, lui faut mettre la main sur le Chrono-navigateur. Il provoque une déchirure spatio-temporelle et envoie l'esprit de Ben âgé dans le corps de Ben ado et inversement...

Ben rencontre une version alternative de lui-même alors qu'il cherchait un vingt-troisième Monsieur Jus de Fruits.

Pour le punir d'avoir détruit sa voiture, Monsieur Baumann ordonne à Ben de faire des livraisons pour lui sans utiliser ses aliens.